在我國水環境治理的相關工程應用上，往往只注重到通過點源控制和底泥清淤的單一控源手段來進行水生態環境質量的改善，忽視了過程削減、生態修復和綜合治理等手段并行實施。

生態溝渠

生態溝渠是指具有一定體積，由水、植物、土壤、微生物及動物組成，擁有一定生態功能的排水系統。生態溝渠對農田退水的凈化效果十分顯著，對退水中的N、P去除效果好，同時還具有占地面積小、可直接由農田排水溝改造、水力停留時間長、可種植經濟作物創造價值等優點。

生態護岸

生態護岸是指利用植物與天然岸基土壤或者植物與土建工程相結合，對河道坡面進行防護的一種生態型護坡形式。生態護岸具備傳統整體硬質化河岸物理防護作用，還保留了河水與天然岸基土壤相互滲透，與植物、微生物的交互作用，提高了河流自凈能力及對污染物的截留能力，為河流水質改善的長效性提供了保證。

采用有生命力的植物根、莖或完整的植物體作為結構的主要元素，種植在邊坡的不同位置，在植物生長過程中實現穩定和加固邊坡的土壤生物工程技術，可以運用在土壤侵蝕較嚴重、土質松散、景觀要求較低的郊區河段；依靠植生基質材料和植被的共同作用，達到對坡面進行綠化和防護的植物-工程措施復合護岸技術，適用于壤侵蝕較為嚴重，又要求能達到一定河道生態景觀效果的河段。

人工濕地

人工濕地是指用人工筑成水池或溝槽，底面鋪設防滲漏隔水層，填充一定深度的基質層，種植生水植物，利用基質、植物、微生物的物理、化學、生物三重協同作用使水體得到凈化。人工濕地系統是一個半開放、半封閉的生態系統，具有很好的脫氮除磷效果。由于人工濕地建設運營成本低、去污能力強、使用壽命長、工藝簡單、組合多樣化等優勢使其具有較好的經濟效益和生態效益。

人工濕地主要分為表面流人工濕地、水平潛流人工濕地和垂直潛流人工濕地，也可以進行組合應用。在我國由于南北氣候差異，需結合不同地域的環境條件及水體狀況開展工程應用。

在工程應用時，人工濕地宜選用耐污能力強、根系發達、去污效果好、具有抗凍及抗病蟲害能力、容易管理的本地植物。人工濕地出水直接排入河流湖泊等天然水體時，應謹慎選擇外來入侵物種。