生物生態(tài)修復必須和污染源控制相結合，采取的技術線路可歸納為“高強度治污，自然生態(tài)恢復”。即先投入大量的物力、財力、人力對河湖流域的污水進行截流并統(tǒng)一進行處理，達標后排放，再利用河湖水體的自我調節(jié)機能進行生態(tài)修復。對于水體黑臭，除厭氧菌外，其它微生物無法生存，水體生態(tài)功能喪失殆盡的河道，則必須先采用生態(tài)調水、底泥生態(tài)疏浚、人工增氧、生物酶制劑和外源微生物投放等工程措施，改善水體質量，為后續(xù)生物生態(tài)凈水技術的介入創(chuàng)造條件。

城區(qū)水系是一個開放的系統(tǒng)，承擔著城市防洪、排瀝任務。城區(qū)水系污染種類眾多，來源復雜，在采取截污措施控制河道點源污染前提下，還受到城市雨水管道系統(tǒng)形成的面源污染和大氣降塵污染，一般污染程度較重，主要包括有機物、無機鹽、重金屬等，污染物排入水體的速度遠大于水體的自凈速度；因此，在確保城市防洪和排瀝安全的情況下，采用生物生態(tài)修復技術進行水環(huán)境治理，逐步形成生物群落多樣動態(tài)穩(wěn)定、可自我調節(jié)的水系生態(tài)系統(tǒng)，實現(xiàn)人與自然和諧，建立人—水—城市的可持續(xù)發(fā)展模式。

對于水體污染輕微城市河湖，在定期補水的基礎上，采用生物濾壩、復合生態(tài)濾床、人工生物浮島、水生植物栽植、水生動物投放等生物修復技術。其中，人工生態(tài)浮島凈水技術的應用至關重要，該技術把水生、濕生、陸生等植物完美地組合在一個系統(tǒng)上，把昆蟲、蝶類、鳥類、兩棲動物和諧地棲息在相對隔離的生態(tài)系統(tǒng)內。浮島凈水技術和沉水植物的生態(tài)修復相結合，水體可望長期保持清澈與潔凈。

對于水體變黑發(fā)臭、污染嚴重的城市河湖，要根據(jù)水底污染物淤積量、污染物構成等情況，采取底泥生態(tài)疏浚以削減底泥對水體的污染，或采取河道曝氣增氧、生物酶制劑和外源微生物投放工程措施，加快水體中有機物降解速度，促使形成水生植物尤其是浮葉和沉水植物的生存環(huán)境條件。一旦水生植物介入，即可應用上述生物生態(tài)修復技術進行水環(huán)境治理，水生態(tài)系統(tǒng)就可望能夠修復，魚兒游水草漂、岸綠景美的良性城市水生態(tài)景觀就會重現(xiàn)。

水環(huán)境治理必須系統(tǒng)規(guī)劃和綜合治理。河湖水系及其生態(tài)系統(tǒng)具有完整性，因此需要系統(tǒng)規(guī)劃，從全局出發(fā)，兼顧干支流、上下游、滯洪洼淀、河口、沿岸自然環(huán)境和社會發(fā)展等各個方面統(tǒng)籌考慮，同時將水環(huán)境治理與防洪、航運、城市用水、橋梁、景觀等結合起來，進行綜合治理，優(yōu)化突出整體利益。